Genômica populacional de golfinhos-rotadores associada a variáveis ambientais e eficiência de metodologias de sequenciamento de nova geração

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dc.contributor.advisor1Farro, Ana Paula Cazerta
dc.contributor.advisor1IDhttps://orcid.org/0000-0002-3536-1653
dc.contributor.advisor1Latteshttp://lattes.cnpq.br/0283101629974718
dc.contributor.authorTeixeira, Fernanda Lopes
dc.contributor.authorIDhttps://orcid.org/0000-0003-4656-8315
dc.contributor.authorLatteshttp://lattes.cnpq.br/3581179629499265
dc.contributor.referee1Silva, Flávio José de Lima
dc.contributor.referee1IDhttps://orcid.org/0000-0002-6521-9367
dc.contributor.referee1Latteshttp://lattes.cnpq.br/1421802360229451
dc.contributor.referee2Siciliano, Salvatore
dc.contributor.referee2IDhttps://orcid.org/0000-0002-0124-8070
dc.contributor.referee2Latteshttp://lattes.cnpq.br/2471615656999141
dc.contributor.referee3Oliveira, Larissa Rosa de
dc.contributor.referee3IDhttps://orcid.org/0000-0002-5735-3697
dc.contributor.referee3Latteshttp://lattes.cnpq.br/2346014398624345
dc.contributor.referee4Cruz, Vanessa Paes
dc.contributor.referee4IDhttps://orcid.org/0000-0002-2450-8701
dc.contributor.referee4Latteshttp://lattes.cnpq.br/1271552780425809
dc.date.accessioned2025-08-25T18:42:57Z
dc.date.available2025-08-25T18:42:57Z
dc.date.issued2025-06-23
dc.description.abstractAlthough cetaceans are highly mobile and can travel long distances, many biological factors can lead to genetic differentiation within and between groups, such as environmental and social factors. The spinner dolphin, Stenella longirostris, is considered pantropical and exhibits genetic structure throughout its distribution. This study aims to refine population analyses for the species in the Western South Atlantic Ocean (SWA) using neutral and adaptive genomic data. Genotyping-by-Sequencing (GBS) was used for 25 spinner dolphins, 12 individuals associated with the Fernando de Noronha Archipelago and 13 not associated with the Archipelago (Northeast - NE; Southeast - SE; and South - S). Genomic diversity and differentiation were verified based on neutral SNPs and outliers identified from the genotype-environment association and population structure. After filtering, 21,341 SNPs were identified in 15 samples, of which eight individuals were associated with the Fernando de Noronha Archipelago (FN) and seven were not associated with the Archipelago (three from the SE and four from the NE). The locations analyzed with neutral (20,691) and adaptive (650 outlier SNPs) were separated into three sampling units: FN, NE, and SE. Genomic diversity values ranged from moderate to high for the locations. The outlier SNPs were found to be related to genes associated with biological processes, such as the development and/or function of the nervous system, immune system, among others. The allele frequency of three genes differed between the locations, consistent with changes in sea surface temperature. Previous genetic studies identified two populations in SWA: spinner dolphins associated with the Fernando de Noronha Archipelago and those not associated with the Archipelago. This study identified at least three populations: one associated with the Archipelago and two not associated (SE and NE), and this structuring was related to environmental variables such as salinity, ocean currents, and sea surface temperature. Our work contributes to the understanding of how neutral and adaptive processes can shape spinner dolphin populations in the SWA.
dc.description.resumoEmbora os cetáceos sejam altamente móveis e possam viajar por longas distâncias, muitos fatores biológicos podem levar à diferenciação genética dentro e entre grupos, como fatores ambientais e sociais. O golfinho-rotador, Stenella longirostris, é considerado pantropical e apresenta estruturação genética ao longo da sua distribuição. Este estudo tem o intuito de refinar as análises populacionais para a espécie no Oceano Atlântico Sul Ocidental (ASO) a partir de dados genômicos neutros e adaptativos. Foi utilizada a metodologia Genotyping-by-Sequencing (GBS) para 25 golfinhos-rotadores, sendo 12 indivíduos associados ao Arquipélago de Fernando de Noronha e 13 não associados ao Arquipélago (Nordeste - NE; Sudeste - SE e Sul - S). Foram verificadas a diversidade e diferenciação genômica a partir de SNPs neutros e outliers identificados a partir da associação genótipo-ambiente e da estruturação populacional. Após as filtragens, foi possível identificar 21.341 SNPs em 15 amostras, sendo destas, oito indivíduos associados ao Arquipélago de Fernando de Noronha (FN) e sete não associados ao Arquipélago (três do SE e quatro do NE). As localidades analisadas com os SNPs neutros (20.691) e adaptativos (650 SNPs outliers) foram separadas em três unidades amostrais: FN, NE e SE. Os valores de diversidade genômica foram de moderados a altos para as localidades. Verificou-se que os SNPs outliers estavam relacionados com genes associados a processos biológicos, como desenvolvimento e/ou funcionamento do sistema nervoso, sistema imune, entre outros. A frequência alélica de três genes foi diferente entre as localidades em consonância com a mudança na temperatura da superfície do mar. Em estudos genéticos anteriores, foram identificadas duas populações no ASO: golfinhos-rotadores associados ao Arquipélago de Fernando de Noronha e não associados ao Arquipélago. Já neste estudo, verificou-se a existência de pelo menos três populações: uma associada ao Arquipélago e duas não associadas (SE e NE), e essa estruturação foi relacionada com variáveis ambientais, como salinidade, correntes oceânicas e temperatura da superfície do mar. Nosso trabalho contribui para o conhecimento de como os processos neutros e adaptativos podem levar a estruturação das populações de golfinho-rotadores no ASO.
dc.description.sponsorshipCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
dc.formatText
dc.identifier.urihttp://repositorio.ufes.br/handle/10/20150
dc.languagepor
dc.publisherUniversidade Federal do Espírito Santo
dc.publisher.countryBR
dc.publisher.courseDoutorado em Biologia Animal
dc.publisher.departmentCentro de Ciências Humanas e Naturais
dc.publisher.initialsUFES
dc.publisher.programPrograma de Pós-Graduação em Ciências Biológicas
dc.rightsopen access
dc.subjectDelphinidae
dc.subjectDiferenciação populacional
dc.subjectGBS
dc.subjectStenella longirostris
dc.subject.cnpqZoologia
dc.titleGenômica populacional de golfinhos-rotadores associada a variáveis ambientais e eficiência de metodologias de sequenciamento de nova geração
dc.typedoctoralThesis
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