Simulação por dinâmica molecular de flavonoides como inibidores da proteína principal do SARS-CoV-2

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dc.contributor.advisor1Gonçalves, Arlan da Silva
dc.contributor.advisor1IDhttps://orcid.org/0000-0002-5965-3191
dc.contributor.advisor1Latteshttp://lattes.cnpq.br/4139608457982550
dc.contributor.authorLima, Ana Paula Loureiro
dc.contributor.authorIDhttps://orcid.org/0009-0004-7226-538X
dc.contributor.authorLatteshttp://lattes.cnpq.br/6445846880137792
dc.contributor.referee1Silva Filho, Elói Alves da
dc.contributor.referee1IDhttps://orcid.org/0000-0002-9306-7882
dc.contributor.referee1Latteshttp://lattes.cnpq.br/8259708288584235
dc.contributor.referee2Fernandes, Tácio Vinício Amorim
dc.contributor.referee2IDhttps://orcid.org/0000-0001-5881-9519
dc.contributor.referee2Latteshttp://lattes.cnpq.br/9875296235929103
dc.date.accessioned2025-09-03T19:01:57Z
dc.date.available2025-09-03T19:01:57Z
dc.date.issued2024-09-26
dc.description.abstractThe pandemic triggered by SARS-CoV-2 has instigated many efforts to identify effective therapies against COVID-19. In parallel, technological advances have provided an expanded platform for the exploration of bioactive compounds, among which flavonoids emerge as promising therapeutic agents, given their wealth of bioactive properties. Within the scope of this research, a Molecular Modelling approach was adopted to investigate the complex interactions between flavonoids and the key proteins of SARS-CoV-2, notably the main protease 3CLpro (Mpro) and the Spike protein, which are crucial for viral replication and cellular infection. Molecular dynamics simulations were used to evaluate the potential of these compounds as drug agents against COVID-19. Among the flavonoids studied, Amentoflavone, identified in plant species such as Ginkgo biloba, Hypericum perforatum and Passiflora, stood out for its remarkable efficacy in inhibiting the active site of viral proteins. In addition, 7‘’-O-Methylsciadopitysin showed the same RMSD result as Amentoflavone, with an MMPBSA energy of approximately -220 kJ/mol. Despite showing deviations from Lipinski's rule, implying potential limitations, these flavonoids stood out, suggesting possible adaptations that could mitigate such restrictions, thus extending their therapeutic viability and outlining promising prospects for the development of new pharmaceutical agents.
dc.description.resumoA pandemia desencadeada pelo SARS-CoV-2 tem instigado muitos esforços na identificação de terapias eficazes contra a COVID-19. Paralelamente, os avanços tecnológicos têm proporcionado uma plataforma expandida para a exploração de compostos bioativos, entre os quais os flavonoides emergem como promissores agentes terapêuticos, dada sua riqueza em propriedades bioativas. No escopo desta pesquisa, foi adotada uma abordagem de Modelagem Molecular para investigar as complexas interações entre os flavonoides e as proteínas-chave do SARS-CoV-2, notadamente a protease principal 3CLpro (Mpro) e a proteína Spike, cruciais para a replicação viral e a infecção celular. Por meio de simulações de Dinâmica Molecular, objetivou-se a avaliação do potencial desses compostos como agentes medicamentosos contra a COVID-19. Destacaram-se, entre os flavonoides estudados, a Amentoflavona, identificada em espécies vegetais como Ginkgo biloba, Hypericum perforatum e Passiflora, pela sua notável eficácia na inibição do sítio ativo das proteínas virais. Além disso, o 7''-O-Metilsciadopitysina apresentou o mesmo resultado de RMSD da Amentoflavona, a energia de MMPBSA de aproximadamente -220 kJ/mol. Apesar de evidenciarem desvios em relação à regra de Lipinski, implicando em potenciais limitações, esses flavonoides se sobressairam, sugerindo possíveis adaptações que poderiam mitigar tais restrições, ampliando assim sua viabilidade terapêutica e delineando perspectivas promissoras para o desenvolvimento de novos agentes farmacêuticos.
dc.description.sponsorshipCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
dc.formatText
dc.identifier.urihttp://repositorio.ufes.br/handle/10/20304
dc.languagepor
dc.publisherUniversidade Federal do Espírito Santo
dc.publisher.countryBR
dc.publisher.courseMestrado em Química
dc.publisher.departmentCentro de Ciências Exatas
dc.publisher.initialsUFES
dc.publisher.programPrograma de Pós-Graduação em Química
dc.rightsopen access
dc.subjectDinâmica molecular
dc.subjectCompostos bioativos
dc.subjectFlavonoides
dc.subject.cnpqQuímica
dc.titleSimulação por dinâmica molecular de flavonoides como inibidores da proteína principal do SARS-CoV-2
dc.title.alternativeMolecular dynamics simulation of flavonoids as inhibitors of the main protein of SARS-CoV-2
dc.typemasterThesis
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