Análise espacial da transmissão de genotipos de Mycobacterium tuberculosis em Vitoria, ES-Brasil

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dc.contributor.advisor-co1Maciel, Ethel Leonor Nóia
dc.contributor.advisor1Palaci, Moisés
dc.contributor.authorRibeiro, Fabíola Karla Corrêa
dc.contributor.referee1Suffys, Philip Noel
dc.contributor.referee2Oliveira, Martha Maria de
dc.contributor.referee3Falqueto, Aloísio
dc.contributor.referee4Spano, Liliana Cruz
dc.date.accessioned2016-08-29T15:35:06Z
dc.date.available2016-07-11
dc.date.available2016-08-29T15:35:06Z
dc.date.issued2015-02-26
dc.description.abstractBackground. Genotyping Mycobacterium tuberculosis isolates allows study of dynamics of tuberculosis (TB) transmission, while geoprocessing allows concomitant spatial analysis of clinical and epidemiological data. In the present study, genotyping data and spatial analysis were combined to characterize TB transmission in VitóriaES-Brazil to identify distinct neighborhoods and risk factors associated with recent TB transmission. Methods. From 2003 to 2007, 503 isolates were genotyped by IS6110 restriction fragment length polymorphism (RFLP) and spoligotyping. The spatial analysis included Kernel density estimation (KDE), k-function analysis on predicted estimates from a random-effects logit model and a t-test distance analysis. M. tuberculosis isolates belonging to identical RFLP patterns (clusters) were considered to represent recent TB infection (cases). Results. Of 503 genotyped isolates, 242 (48%) were categorized into 70 distinct clusters belonging to 12 RFLP families. The overall proportion of recent transmission was 34.2%. Kernel density maps indicated three areas of most intense concentration of cases. K-function analysis of the largest RFLP clusters and families showed that both co-localized in space. The distance analysis confirmed these results and also showed that unique-pattern strains (controls) randomly distributed in space. A logit model with random neighborhood effects was used to evaluate univariate and multivariate associations. When the predicted probabilities for each neighborhood were mapped, they identified the neighborhoods with high risk for recent transmission. Conclusions. Spatial and genotypic clustering of M. tuberculosis isolates revealed ongoing active transmission of TB caused by a small subset of strains in a subset of neighborhoods of the city. Such information provides an opportunity to target TB transmission control, such as through rigorous and more focused contact investigation programs.eng
dc.description.resumoIntrodução. A genotipagem de isolados de Mycobacterium tuberculosis permite o estudo da dinâmica da transmissão da tuberculose (TB), enquanto técnicas de geoprocessamento permitem a realização concomitante da análise espacial dos dados clínicos e epidemiológicos. No presente estudo, dados genotípicos e análise especial foram combinados para caracterizar a transmissão da TB em Vitória – ES – Brasil e identificar áreas e fatores de risco associados à transmissão recente da doença. Material e Métodos. No período de janeiro de 2003 a dezembro de 2007, 503 isolados foram genotipados pelos métodos de análise de polimorfismo de fragmentos de DNA (RFLP) e Spoligotyping. A análise espacial incluiu a estimativa de densidade de Kernel, a análise por função K e uma análise de distâncias pelo teste t- Student. Os isolados de M. tuberculosis que apresentaram perfis genotípicos idênticos foram agrupados em clusters e considerados parte de uma cadeia de transmissão recente (casos). Resultados. Dos 503 isolados, 242 (48%) foram categorizados em 70 diferentes clusters pertencentes a 12 famílias de RFLP. A taxa de transmissão recente foi de 34.2%. O mapa de densidade de Kernel indicou 3 áreas de maior concentração de casos. A análise por função K mostrou que tanto clusters quanto famílias de RFLP tendem a se agrupar no espaço. A análise de distâncias pelo t-Student confirmou esses resultados, além de mostrar que isolados com perfis genotípicos únicos (controles) tendem a se distribuir de forma aleatória no espaço. Um modelo logit com efeito randômico de vizinhança foi utilizado para análises univariadas e multivariada dos fatores de risco associados. Quando as probabilidades preditivas calculadas para cada bairro foram mapeadas, foi possível a identificação dos bairros onde é maior o risco de transmissão recente da TB. Conclusões. A clusterização tanto espacial quanto genotípica dos isolados de M. tuberculosis revelou a ocorrência de transmissão recente da TB, causada por um número relativamente pequeno de genotipos, em áreas bem definidas. Esses dados auxiliam no planejamento mais direcionado de estratégias para controle da doença, como, por exemplo, por meio de uma investigação mais rigorosa e orientada dos contatos, levando-se em consideração o território.
dc.formatText
dc.identifier.urihttp://repositorio.ufes.br/handle/10/4601
dc.languagepor
dc.publisherUniversidade Federal do Espírito Santo
dc.publisher.countryBR
dc.publisher.courseDoutorado em Doenças Infecciosas
dc.publisher.departmentCentro de Ciências da Saúde
dc.publisher.initialsUFES
dc.publisher.programPrograma de Pós-Graduação em Doenças Infecciosas
dc.rightsopen access
dc.subject.br-rjbnTuberculose
dc.subject.br-rjbnEpidemiologia molecular
dc.subject.br-rjbnAnálise espacial (Estatística)
dc.subject.cnpqDoenças Infecciosas e Parasitárias
dc.subject.udc61
dc.titleAnálise espacial da transmissão de genotipos de Mycobacterium tuberculosis em Vitoria, ES-Brasil
dc.typedoctoralThesis
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