Avaliação do ITS1 e do ITS2 como barcode para Calanoida (Crustacea, Copepoda) marinhos e como marcador complementar para filogenia do grupo

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dc.contributor.advisor1Fernandes, Luiz Fernando Loureiro
dc.contributor.authorRocha, Gustavo Martins
dc.contributor.referee1Farro, Ana Paula Cazerta
dc.contributor.referee2Milstein, Daniela
dc.date.accessioned2018-08-01T23:42:38Z
dc.date.available2018-08-01
dc.date.available2018-08-01T23:42:38Z
dc.date.issued2014-06-06
dc.description.abstractCalanoida is the most abundant copepod Order in the world, having recognized ecological and scientific importance. But the accurate morphological taxonomic identification of this animal group is not simple, requiring years of experience and practice, especially when working with specimens in larval and juvenile stages. Thereat, molecular identification through DNA barcode is an important tool for assistance the identification of these organisms on the species taxonomic level. The mitochondrial marker Cytocromo Oxydase I (COI) is considered standard for molecular identification of most animal groups, but it doesn’t seems as efficient for calanoid copepods. This study aimed to test the two subunits of the nuclear molecular marker Internal Transcribed Spacer (ITS1 and ITS2) as a barcode for this animal group. We tried to sequence ITS1, ITS2 and COI from 105 individuals representing 14 families of Calanoida. Sequencing success rates of nuclear markers were much higher than those from COI (98%, 91% and 34%, respectively). In addition, it was found a gap between intraspecific and interspecific genetic distances for the nuclear molecular markers that allow grouping 100% of the sampled individual’s sequences with other individuals’ from the same species in monophyletic clades for ITS2 and with one exception for ITS1. Phylogeny of Calanoida, based on ITS1-ITS2-COI concatenated sequences, proved to be congruent with what has already been established in relation to the evolutionary relationships of species in the group. Despite the need for additional studies to confirm the patterns found here, we can conclude, based in our results, that both ITS1 and ITS2 are molecular markers that are easy sequenced and have enough variation to be used for DNA barcoding of marine calanoids.
dc.description.resumoCalanoida é a ordem de Copepoda mais abundante do planeta, possuindo reconhecida importância ecológica e científica. Porém a acurada identificação taxonômica morfológica deste grupo de animais não é simples, requerendo um elevado grau de treinamento, principalmente quando se trabalha com animais em estágio larval e juvenil. A identificação molecular por meio de barcode se apresenta como uma alternativa para auxiliar na identificação específica destes organismos. O marcador mitocondrial Cytocromo Oxydase I (COI) é tido como padrão para identificação molecular de boa parte dos grupos animais, mas não se mostra tão eficiente para calanóides. Este estudo teve como objetivo testar as duas subunidades do marcador molecular nuclear Internal Transcribed Spacer (ITS1 e ITS2) como barcode para este grupo animal. Foram sequenciados o ITS1, ITS2 e COI de 105 indivíduos representando 14 famílias de Calanoida. As taxas de eficiência de sequenciamento dos marcadores nucleares foram bem superiores as do COI (98%, 91% e 34%, respectivamente). Além disso, foi observado um hiato entre as distâncias genéticas intraespecíficas e interespecíficas nos marcadores moleculares nucleares que permitiram o agrupamento em, clados monofiléticos, de 100% das sequências dos indivíduos amostrados com as demais de sua mesma espécie para o ITS2 e com apenas Pleuramamma xiphias como exceção para o ITS1. A filogenia do grupo, gerada com base nas sequências concatenadas de ITS1-ITS2-COI, se mostrou congruente com o que já se tem estabelecido em relação às relações evolutivas do grupo. Apesar da necessidade de estudos adicionais para confirmar os padrões aqui encontrados, podemos concluir que tanto o ITS1 como o ITS2 são marcadores moleculares de fácil sequenciamento para Calanoida e que o ITS2 possui variação genética suficiente para ser utilizados para geração de barcode para calanóides marinhos.
dc.formatText
dc.identifier.urihttp://repositorio.ufes.br/handle/10/9139
dc.languagepor
dc.publisherUniversidade Federal do Espírito Santo
dc.publisher.countryBR
dc.publisher.courseMestrado em Oceanografia Ambiental
dc.publisher.initialsUFES
dc.publisher.programPrograma de Pós-Graduação em Oceanografia Ambiental
dc.rightsopen access
dc.subjectCOIpor
dc.subjectITS1por
dc.subjectBarcodingeng
dc.subjectITS2por
dc.subjectZooplanktoneng
dc.subjectZooplânctonpor
dc.subjectWestern Atlanticeng
dc.subjectAtlântico Ocidentalpor
dc.subject.cnpqCiências Ambientais
dc.subject.udc55
dc.titleAvaliação do ITS1 e do ITS2 como barcode para Calanoida (Crustacea, Copepoda) marinhos e como marcador complementar para filogenia do grupo
dc.typemasterThesis
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